원천징수영수증 결정세액부터 확인하는 근로자 청구 절차
연말정산에서 공제를 빠뜨린 근로자가 홈택스에서 근로소득 경정청구로 환급을 신청할 수 있도록 청구 기간, 신청 전 확인할 결정세액, 입력 순서, 청구 뒤 통지 기간을 차례로 정리했습니다.
경정청구는 신고서에 기재한 과세표준과 세액이 세법에 따라 신고해야 할 과세표준과 세액을 초과할 때, 관할 세무서장에게 결정 또는 경정을 청구하는 제도예요. 회사가 연말정산을 마친 근로자도 「국세기본법」 제45조의2 제5항에 따라 같은 청구를 할 수 있고, 홈택스에서 경정청구서를 작성하여 제출합니다.
연말정산 놓친 공제, 경정청구로 환급받는 대상
연말정산으로 소득세를 납부했고 회사가 지급명세서를 제출기한까지 제출했다면, 원천징수영수증에 기재된 과세표준과 세액이 세법에 따라 신고해야 할 과세표준과 세액을 초과할 때 근로자가 직접 경정을 청구할 수 있어요. 원천징수영수증에 기재된 환급세액이 세법에 따라 신고해야 할 환급세액에 미치지 못할 때도 청구할 수 있습니다.
「연말정산 간소화 서비스」가 제공하지 않는 자료는 근로자가 발급기관에서 직접 발급받아 회사에 제출해야 공제받을 수 있습니다. 이 자료를 제출하지 못해 공제에서 빠졌다면 경정청구로 반영할 수 있어요. 간소화 서비스가 제공하지 않는 대표 자료는 다음과 같습니다.
주의할 사항은 공제 대상인지를 근로자 본인이 직접 확인해야 한다는 것입니다. 간소화 자료는 발급기관이 일괄 제출한 자료를 모은 것이므로, 조회된 자료라고 해서 모두 공제 대상은 아니에요.
경정청구 기간 5년, 귀속연도별 마감 계산
근로자의 경정청구 기간은 연말정산세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내입니다. 회사는 다음 해 2월분 급여를 지급할 때 연말정산 세액을 원천징수하고, 매월 납부하는 회사라면 그다음 달 10일인 3월 10일까지 납부해요.
매월 납부하는 회사를 기준으로 2021년 귀속분의 마감일을 계산하면 다음과 같아요.
2021년 귀속분의 청구 마감이 가장 먼저 다가옵니다. 2025년 귀속분은 5월 정기신고를 하지 못한 근로자를 위해 2026년 7월경 개시하는 근로소득 경정청구 서비스로 청구합니다.
홈택스 경정청구 전 원천징수영수증 결정세액 확인
경정청구서를 작성하기 전에 원천징수영수증의 결정세액이 남아 있는지부터 확인해야 해요. 공제를 추가하면 새로 계산한 결정세액과 원천징수영수증상 결정세액의 차액이 환급되므로, 원천징수영수증의 결정세액이 이미 0원이라면 공제를 더해도 환급받을 세액이 없습니다.
결정세액이 남아 있다면 빠뜨린 공제의 증빙부터 준비해야 해요. 이 증빙은 경정청구 접수가 완료된 뒤 부속서류로 제출해요.
홈택스 경정청구 순서, 대상연도 선택부터 제출까지
홈택스 경정청구는 대상연도를 선택하고 [연말정산 불러오기]로 회사의 연말정산 내역을 반영한 뒤, 빠뜨린 공제만 추가하여 제출하는 순서로 진행합니다.
근로소득 경정청구 대상연도 선택
메뉴 이동과 조회
[근로소득 경정청구 대상연도 선택]에서 공제를 빠뜨린 연도를 선택하고 조회합니다. 조회 결과가 ‘근로소득 경정청구 대상 아님’이면 회사가 근로소득 지급명세서를 세무서에 제출하지 않은 것이므로, 근무처에 제출을 요청하여 제출이 완료된 뒤에 작성할 수 있어요.
연말정산 불러오기와 누락 공제 입력
빠뜨린 공제만 추가
[연말정산 불러오기]로 회사가 제출한 연말정산 내역을 반영한 뒤 빠뜨린 공제 항목만 입력합니다. 입력을 마치면 환급 예상세액이 자동으로 산출됩니다.
경정청구서 제출과 부속서류
접수 뒤 증빙 제출
경정청구서의 기재 사항을 확인한 뒤 제출하고, 접수가 완료되면 발급기관에서 직접 발급받은 증빙을 부속서류로 제출합니다. 해당 연도의 작성 매뉴얼은 근로소득 경정청구 작성 단계의 ‘이용안내 도움말’에서 확인할 수 있어요.
경정청구 뒤 2개월, 통지와 불복 청구
경정청구를 받은 세무서장이 결과를 통지해야 하는 기한과, 그 기한 안에 통지를 받지 못했을 때 청구인이 할 수 있는 불복 청구는 다음과 같습니다.
중요한 것은 통지를 받지 못한 채 2개월이 지났다면 통지를 기다리지 않고 불복 청구를 할 수 있다는 사실입니다. 2개월 안에 결정 또는 경정이 곤란하면 세무서장은 관련 진행상황과 불복 청구를 할 수 있다는 사실을 청구인에게 통지해야 해요.
5월 정기신고와 경정청구, 자주 묻는 질문
Q1. 5월 종합소득세 신고기간에 빠뜨린 공제를 반영할 수 있나요?
A1. 네, 5월 종합소득세 정기신고기간에는 [근로소득 신고]의 [정기신고]에서 [연말정산 불러오기]로 회사의 연말정산 내역을 반영한 뒤 누락된 공제를 입력하면 돼요. 정기신고를 하지 못했다면 경정청구 서비스가 시작된 뒤 경정청구로 신청합니다.
Q2. 근무지 두 곳의 급여를 합산하지 못하고 연말정산했다면 어떻게 하나요?
A2. 근로소득 외에 다른 소득이 없다면 5월에 [근로소득 신고]의 [정기신고]로 신고합니다. 5월을 놓쳤다면 근로소득 신고로는 작성할 수 없으므로 [일반신고]의 [기한후 신고]를 이용해야 해요.
Q3. 회사에 다시 연말정산을 요청해야 하나요?
A3. 그렇지 않아요. 경정청구는 원천징수의무자인 회사도 할 수 있지만 원천징수대상자인 근로자 본인도 할 수 있으므로, 근로자가 홈택스에서 직접 청구하면 됩니다. 다만 회사가 근로소득 지급명세서를 제출하지 않았다면 먼저 제출을 요청해야 합니다.
Q4. 5년이 지난 연도분도 청구할 수 있나요?
A4. 납부기한이 지난 후 5년이 지나면 청구 기간이 끝나요. 매월 납부하는 회사 기준으로 2020년 귀속분은 납부기한 2021년 3월 10일에서 5년이 지난 2026년 3월 10일에 청구 기간이 끝났습니다.
Q5. 간소화 서비스에서 조회되지 않은 의료비도 경정청구로 공제받을 수 있나요?
A5. 네, 의료기관에서 영수증을 직접 발급받아 누락 공제로 입력하고, 경정청구 접수가 완료된 뒤 부속서류로 제출하면 됩니다.
Q6. 연말정산에서 빠뜨린 산후조리원 비용도 공제받을 수 있나요?
A6. 네, 원천징수영수증의 73.결정세액에 금액이 있으면 공제받을 수 있어요. 산후조리원 비용은 출산 1회당 200만 원 한도의 의료비로, 본인 비용은 본인 의료비 란에, 부양가족 비용은 그 밖의 공제대상자 의료비 란에 포함하여 입력합니다.
홈택스 경정청구는 결정세액 확인, 대상연도 선택, 누락 공제 입력, 부속서류 제출의 순서로 마무리됩니다. 청구 마감이 가장 먼저 다가오는 2021년 귀속분부터 원천징수영수증의 결정세액을 확인하시기 바랍니다.
출처·참고자료
- 「국세기본법」(법률 제21860호, 2026.8.11. 시행) 제5조·제45조의2
- 「국세기본법 시행령」 제25조의3
- 「소득세법」 제128조·제137조
- 국세청, ‘｢연말정산 간소화 서비스｣, 1월 15일(목) 개통합니다.’ (2026년 1월 14일)
- 국세청 국세상담센터, 「홈택스 이용정보 종합소득세 신고 자주묻는Q&A」
- 대한민국 정책브리핑, ‘연말정산은 아직 끝나지 않았다’ (2017년 3월 8일)
- 국세청 홈택스, ‘전체메뉴 — 세금신고 > 종합소득세 신고 > 근로소득 신고’ (2026년 9월 29일)
위 자료를 수집·분석하여 본문 작성에 참고하였으며 2026년 9월 29일 확인 기준입니다. 홈택스 메뉴 이름과 경정청구 서비스 개시 시기는 홈택스 개편에 따라 달라질 수 있습니다. 메뉴 이름은 2026년 9월 29일 홈택스 전체메뉴에서 확인하였으므로 경정청구서 작성 전에 홈택스에서 다시 확인하시기 바랍니다.
본 글은 세무 상담을 대신하지 않습니다.
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