보유공제에서 거주공제로, 3단계 전환 일정
장기보유특별공제 개편 내용을 확인하려는 1주택자와 다주택자를 위해, 국회에 제출된 정부안의 연도별 공제율과 공제 한도, 거주기간 인정 기준을 순서대로 정리했습니다.
개편안은 「2026년 세제개편안」의 장기보유특별공제 개편 내용이 수정 없이 그대로 정부안이 된 것으로, 「소득세법 일부개정법률안(정부)」에 담겨 국회에 제출되었고 아직 심사 전 단계예요. 주목할 것은 공제율·한도·시행 시기가 국회 심의 과정에서 달라질 수 있다는 사실입니다.
장기보유특별공제가 두 제도로 이원화됩니다
개편의 목적은 거주 중심의 주택시장 정착입니다. 개편안은 현행 장기보유특별공제를 이원화해 「장기거주 소득공제」와 「장기보유 소득공제」로 명칭을 변경해요. 두 제도의 대상과 공제율 기준은 다음과 같습니다.
주목할 것은 주택의 공제율 기준이 보유기간에서 거주기간으로 바뀐다는 사실이에요. 시행도 한 번에 이루어지지 않으며, 양도일에 따른 적용 구간은 다음과 같습니다.
주의할 것은 개정 법률의 시행일과 제95조 개정규정의 시행일 차이예요. 그 사이에 양도하는 주택은 현행 장기보유특별공제를 그대로 적용받습니다. 양도세를 1년 유예한 뒤 단계적으로 시행하는 것은 보유세 정상화에 따른 매도기회를 부여하기 위한 설계예요.
1세대 1주택자, 보유공제는 줄고 거주공제는 연 8%
1세대 1주택자는 보유기간 공제율이 단계적으로 하향되고, 그만큼 거주기간 공제율이 상향됩니다. 연도별 공제율은 아래 표와 같습니다.
보유기간과 거주기간이 모두 긴 주택은 어느 해에 양도하든 합계 최대 공제율이 같아요. 주목할 것은 거주기간이 보유기간보다 짧은 주택의 공제액 변화입니다. 개편이 보유기간이 아니라 실제 거주에 세제 혜택을 부여하는 방향이어서, 오래 보유했더라도 거주하지 않은 기간은 공제율에 반영되지 않기 때문이에요. 재정경제부 문답자료의 사례는 다음과 같습니다.
주의할 것은 고가주택은 양도차익 전체가 아니라 공제 대상 양도차익에 공제율을 곱한다는 사실이에요.
다주택자는 거주 연 2%, 조정대상지역은 배제
다주택자의 주택도 보유공제가 거주공제로 전환되고, 2028년에는 두 공제율 중 높은 것을 적용하는 중간 단계를 거칩니다. 양도 시점별 공제율과 적용 조건은 다음과 같아요.
주목할 것은 거주하지 않고 보유만 한 주택이라면 2028년이 보유공제를 받을 수 있는 마지막 해라는 사실입니다. 보유공제가 거주공제로 전환되면 비거주 주택은 공제에서 배제되기 때문이에요. 같은 법률안은 다주택자가 조정대상지역 내 주택을 2028년까지 양도하는 경우 양도소득세 중과를 한시적으로 완화하는 내용도 담고 있습니다.
주의할 것은 다주택자가 양도하는 조정대상지역 소재 주택의 공제 배제예요.
공제 한도 신설, 2029년 이후 10억원
현행 장기보유특별공제는 양도차익에 공제율을 곱한 금액을 한도 없이 공제해, 양도차익이 큰 주택일수록 공제액도 그만큼 커집니다. 개편안이 「장기거주 소득공제」에 신설하는 두 가지 한도는 다음과 같아요.
한도를 신설하는 취지는 공제수준 합리화를 통한 과세형평 제고입니다. 주목할 것은 그 근거가 된 고가주택 장기보유특별공제액의 서울 편중이에요.
중요한 것은 한도가 공제 대상 양도차익에 공제율을 곱한 금액에 적용된다는 사실입니다. 한도의 영향을 받기 시작하는 금액과 사례별 공제액은 다음과 같아요.
한도의 영향은 주택 가격 자체보다 취득가액과 양도가액의 차이에 따라 달라집니다. 오래 전에 상대적으로 저렴한 가격에 취득해 양도차익이 큰 장기 보유자일수록 한도 신설로 세 부담 증가가 집중될 수 있어요.
거주기간 인정 기준과 기본공제 상향
개편 후에는 거주기간에 따라 공제율이 결정되므로, 실제로 거주하지 못한 기간을 어떻게 인정하는지가 중요합니다. 거주기간 자체는 현행과 같이 주민등록표 등본에 따른 전입일부터 전출일까지의 기간이에요. 개편안은 몇 가지 경우의 비거주기간을 거주기간으로 인정해요.
부득이한 사유로 주거를 이전한 경우
열거된 사유 외에 이와 유사한 사유에 해당하는 경우도 과세관청이 사실관계를 검토해 개별적으로 인정할 예정이에요. 부득이한 사유의 구체적인 범위는 법률안이 「소득세법 시행령」에 위임하고 있어, 시행령에서 어떤 사유를 인정하느냐에 따라 실제로 혜택을 받는 납세자의 범위도 달라질 수 있습니다. 흐름도의 계속 거주 조건과 인정 기간 상한은 제도 악용을 방지하기 위한 장치예요. 주의할 것은 거주기간으로 인정되는 비거주기간의 적용 범위예요.
재개발·재건축, 특례주택, 등록임대주택
거주 중심으로 세제를 개편하면서, 부득이한 사유 외에도 거주가 어려운 경우를 예외로 인정합니다. 재개발·재건축 신축주택, 특례주택, 등록임대주택에서 거주기간으로 인정되는 기간은 다음과 같습니다.
10년 거주 1주택은 기본공제 2,500만원
상향 취지는 장기 거주한 1세대 1주택자의 양도세 부담 완화예요. 10년 이상 거주한 1세대 1주택의 양도소득 기본공제 상향 조건과 공제 방법은 다음과 같습니다.
국회 심사에서 남은 쟁점
개편안은 아직 확정된 법률이 아닙니다. 소관위원회 심사와 조세소위원회의 조문 심사를 거쳐야 하고, 이 과정에서 정부안의 조문이 수정되거나 의원안을 반영한 대안이 마련될 수 있어요. 심사의 핵심 쟁점은 공제 한도와 시행 시기, 기존 보유자에 대한 경과조치예요. 지금까지의 입법 경과는 다음과 같습니다.
한도 신설에는 국회 국민동의청원도 제기되어 소관위원회에 회부되었어요. 청원은 한도가 이미 경과한 보유·거주 기간에 사후 적용되어 신뢰보호원칙에 반하고, 명목 양도차익 중 물가상승분에 과세하는 결과를 낳는다는 이유로 조항의 철회 또는 재검토를 요청합니다. 요청사항은 다음과 같습니다.
① 1세대 1주택 실거주자에 대한 공제액 10억원 한도 조항 삭제 ② 삭제가 어렵다면 취득가액 물가연동 도입, 한도 금액의 대폭 상향, 20년 이상 실거주자 적용 제외 등 보완장치 마련 ③ 이미 경과한 보유·거주 기간에 대한 적용 배제 등 경과규정 정비
국회 국민동의청원, 「1세대 1주택 실거주자 장기보유특별공제 10억원 한도 신설 철회 요청에 관한 청원」
정부안대로라면 2028년 이후 공제 감소 폭은 거주기간이 보유기간보다 짧은 1주택자와, 거주하지 않고 보유만 한 다주택자에게서 커요. 양도 시점을 검토 중이라면 주민등록표 등본의 전입일과 전출일로 거주기간부터 확인해 두는 것이 좋습니다. 공부상 기록과 실제 거주가 다르면 실제 거주로 판단합니다.
출처·참고자료
- 재정경제부, 「2026년 세제개편안」 상세본 (2026.8.3.)
- 재정경제부, 「2026년 세제개편안」 문답자료 (2026.8.3.)
- 재정경제부, 「2026년 세제개편안」 정부안 확정 및 주요 수정사항 (2026.9.1.)
- 재정경제부, 「2026년 세제개편안」 누리집 FAQ
- 국회, 「소득세법 일부개정법률안(정부)」 의안번호 2221042 (2026.9.3. 제안)
- 법제처 국가법령정보센터, 「소득세법」 제95조 (법률 제21221호, 2026.1.1. 시행)
- 법제처 국가법령정보센터, 「소득세법 시행령」 제159조의4·제160조 (대통령령 제36343호, 2026.7.1. 시행)
- 국회 국민동의청원, 「1세대 1주택 실거주자 장기보유특별공제 10억원 한도 신설 철회 요청에 관한 청원」 (2026.8.11.~2026.9.10.)
- Tristan Surtel, 「Han River seen from Lotte World Tower」, Wikimedia Commons, CC BY-SA 4.0
위 자료를 수집·분석하여 본문 작성에 참고하였으며 2026년 9월 27일 확인 기준입니다. 본 글의 개편 내용은 국회 심사 중인 정부안이므로 공제율·한도·시행 시기가 국회 심의 과정에서 달라질 수 있으니, 양도 계약 전에 확정된 법률 내용을 직접 확인하시기 바랍니다.
본 글은 세무 상담을 대신하지 않으며, 개별 주택의 공제액은 보유·거주 이력에 따라 다릅니다.
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